循证医学研究是国际的评价药物疗效与安全性的科学方法，其主要特点是采用大范围、多样本、双盲实验来检验药物疗效。大范围，就是收入大量患者，然后分为用药组和对照组，用药组使用同一种药物治疗，对照组采用另一种药物治疗，最后比较两种药物的疗效。多样本，尽管患者所患的疾病相同，但各人的自身条件不同，如年龄不同，体质不同，只有多样本才能所研究的药物适用于大部分人群；双盲实验，就是医生与患者都不知道使用的是哪种药物，最后按编号统计使用药物后的疗效，这样最大程度地了药物疗效的客观性，得出真正值得患者信赖的用药依据。
从上世纪90年代开始，循证医学就在医学界形成了共识。如今，我国中医界也形成了共识：中医药要发展提高，世界与国际接轨，就必须遵循科学研究的国际规则。循证医学可以让中医的辨证论治更加系统化、规范化，使中医诊疗手段的有效性和安全性的评价国际化、科学化和标准化，最终使中医的为国际医学界所接受和认可。让世界了解中医药，认识中医药，使用中医药，循证研究是必由之。
2009年，以首都医科大学附属佑安医院为组长单位，启动了“连花清瘟胶囊治疗甲型H1N1流行冒”的循证医学研究，联合河南省传染病医院、湖南省疾病预防控制中心，沈阳市、成都市、济南市传染病医院等国内九家甲型流感收治医院，在全国范围内收集了大量病例，病例涵盖了各主要发病年龄段、各种症状的甲型H1N1流感患者。这些流感患者分为试验组和对照组，试验组患者每天按照标准治疗量服用连花清瘟胶囊，另一组患者则服用对照药物奥司他韦胶囊。
循证医学研究结果令人振奋：第一，连花清瘟胶囊在抗病毒作用方面与奥司他韦没有差异。第二，在缓解流感症状，特别是退热和缓解咳嗽、头痛、肌肉酸痛和乏力等症状方面，连花清瘟胶囊优于奥司他韦。第三，从药物经济学角度看来，连花清瘟胶囊仅是奥司他韦治疗费用的八分之一。专家论证后一致认为，连花清瘟胶囊是目前经循证研究治疗甲型H1N1流感疗效确切的中成药。
连花循证研究惊动了我国呼吸系统疾病的权威钟南山院士，他在一次学术会议上明确表示，在临床医生最为严格的双盲循证医学研究中，连花清瘟显示出有效减轻流感患者症状的治疗效果，特别是出现高热症状的患者在发病早期使用效果更好。他说：“以岭敢于把现在市面上认为很好的药交到临床医生手中，做严格的循证医学试验，看看它到底是不是有效。这个我很欣赏。这篇论文在《中华医学（英文版）》发表，连花清瘟胶囊采用双盲循证医学研究，症状减轻比例和时间比例与奥司他韦是近似的，肖涵结婚病毒载量转阴时间也是一致的，而且对高热病人的效果比奥司他韦更好一些，这些结论起码说明与奥司他韦有可比性，可在一定程度取代，当然要在早期使用。”
连花清瘟并没有在循证之上驻足不前。2019年1月，由王辰院士承担，卫生部医院、首都医科大学朝阳医院、首都医科大学宣武医院、广东省中医院等全国13家三甲医院参与的“连花清瘟颗粒治疗非流感病毒性肺炎随机、双盲、安慰剂对照、多中心临床研究”正式揭盲。研究结果显示连花清瘟在改善非流感病毒性肺炎患者咳嗽、咳痰、发热、胸痛、肌肉酸痛、呼吸困难、怕冷、口渴等临床症状方面显示出良好疗效。
也就是说，连花对流感病毒以外的其他病毒感染所导致的肺炎也表现优异。这也正是中药的特点，它不是针对某种单一的病毒，它的综合治疗作用是强大的。
2019年11月3日，“连花清瘟颗粒治疗儿童流行冒评价其有效性和安全性的随机、双盲、阳性药平行对照、多中心临床试验”启动会在天津召开。启动会由中华中医药学会儿科分会名誉主任委员、天津中医药大学第一附属医院院长马融教授担任主持，研究在全国20多家医院开展，以奥司他韦为对照药物，评价连花清瘟颗粒治疗儿童流行冒，在缩短病程、缓解症状以及改善中医证候等方面的作用。该研究的开展将为儿童流感用药提供更多选择，同时为连花清瘟的临床应用提供更多，有望成为儿童流感防治新突破。
为此，国家卫健委在《流行冒诊疗方案（2019年版）》中再一次推荐服用连花清瘟胶囊/颗粒。