近年来，农民合作社在不断规范完善中得到蓬勃发展，新形势下正步入提质增效、规范运行的新阶段。财务管理作为合作社经营管理的重要基础，其管理规范与否，核算是否到位，直接关系到合作社自身建设的规范化。夯实财务管理基础，对推进合作社健康有序运营至关重要。
截至2016年11月末，全国依法登记的农民合作社达到177.4万家，实有入社农户10697万户，约占全国农户总数的44%。目前比较乐观估量，合作社财务管理整体状况可以说是“好中差”三分天下，尤其在“账户”运用、财政扶持资金处置、盈余分配、管理、社务公开等方面仍存在诸多弱项短板，亟待重视，克弱补短。
调研发现，合作社虽说都建有“账户”，但往往只记载初始出资额了事，缺失实质内容，而“账户”是合作社年终分配盈余的重要依据。
目前越来越多的合作社承担了国家财政扶持项目，各项农业补贴扶助资金也逐年向合作社等新型经营主体倾斜。如何指导合作社建立项目资产管护机制，引导国家补助项目形成的资产移交合作社管护和持有，意义重大而必要。调研发现，一些合作社没能按照制度对财政扶持资金进行恰当的会计处理，使国家扶助资金形成的资产未能实时体现在“资产负债表”上，而成为“账外”游离资产。
调研情况看，目前国家给予合作社的税收优惠政策并没有真正落到实处。究其原因：一是合作社财务人员对税收优惠政策和纳税申报程序不熟悉，且大部分合作社存在没有向税务机关办理免税申报和登记备案的概念；二是管理核算不到位。目前相当部分合作社会计账簿难以准确反映应税项目和免税项目、应税收入和免税收入。由于票据凭证不合规，也无法准确确认收入和费用的真实性。
通常情况下，由于合作社理事长等核心的现金出资占比较大，其往往混淆了合作社与股份制公司的本质区别，认为出资额大就理应自己说了算，使得社里主要事务多由理事长等核心拍板定案。还有相当一部分合作社没有建立完备的组织架构，理事会挂名，监事会缺位，（代表）大会虚置，定期公开社务也很难真正体现。
目前合作社盈余分配普遍存在逆向选择和风险之忧，出现了实物和现金出资额多的核心侵占其他利益的现象。《农民专业合作社法》，合作社当年盈余分配按两个层级梯次进行，第一层级按与合作社的交易量（额）比例返还给，返还总额不得低于可分配盈余的60%，具体量比依合作社章程决定；第二层级按前项返还后，应付给的可分配盈余的剩余部分，即以“账户”记载的出资额和公积金份额，以及本社接受国家财政直接补助和他人捐赠形成的财产平均量化到的份额为基础，按比例分配给本社。2015年农业部农经统计资料显示，全国30个省、区、市（未含）有133.6万家合作社按交易量（额）返还，然而返还比例达到60%以上的合作社仅22.69万家，占合作社总数不到17%。调研所接触的合作社，大多也没严格按照要求分配盈余。出现这些问题归因是，缺少对合作社领办人的利益激励机制和行为规范约束。这必然会影响这些人的积极性，甚至可能会导致他们在合作社盈余分配时出现风险和逆向选择。调研还发现，部分地区的合作社在工商部门登记时不必验资，合作社注册资本可以是“虚拟出资”，一些核心主要“出资”也是如此。不难看出，这些负责合作社运营的核心在合作社初创时便通过“虚拟出资”，事先直接获取了后期盈余分配的大额权重，明显侵害了其他利益。
农民合作社规范与否，其重要标志是合作社经营期间之财产关系和分配关系是否明确并处理得当，对服务之责任是否切实尽到并真正落实。这就要求合作社在日常生产经营中，注意做好会计基础工作，组织好各项资金运营，处理好各种财产利益关系，以激活合作社内生动力。
做好财务管理工作，是合作社利益、规范合作社发展的内在要求。一是强化财会制度落实。在完善制度建设、账簿设置、岗位职责设定基础上，进一步规范账务处理流程，提升财务人员专业素养和履职能力；二是提高会计电算化水平。各地应根据核算需要，组织开发适宜于本地合作社运营的财务软件，强化会计核算职能；三是加大财务人员培训力度。增强培训针对性，确保培训系统化常态化。特别是课程设置上，应增加税务申报、纳税筹划、会计电算化、财务报表分析以及信用合作核算等相关内容。
“账户”是合作社经营管理之“内核”，是编制权益变动表的依据，也是农民分享合作社盈余的重要基础。“账户”活跃度如何，是否详尽准确记载，一定程度上折射出合作社内在活力度，这是衡量合作社规范发展的重要标尺。一要让合作社明白做实“账户”是其获得盈余分配的重要。只有知晓该账户的重要性，明白自己对合作社贡献量多少，才能增强自身权益意识，真正赋予“账户”实质性内涵；二要提高理事长等核心对“账户”重要性认知度。只有重视对“账户”的合理运用，才能合作社有长久的生命力。同时，要积极探索合作社盈余分配方式，建立合作社理事长等领办人合理利益激励机制，鼓励他们积极奉献的同时，确保其付出能够获得应有回报，在兼顾效率和公平原则下，让分配环节充分体现劳动与土地、资本等生产要素的紧密结合，使得合作社及其多方共赢，真正受益有获得感。
要以健全财务会计制度为抓手，不断完善管护机制，强化核算管理，如实记录每一笔财政补助资金运行轨迹，国家扶助资金跑冒滴漏，确保财政补助资金精准有效扶持，做到可控可管可究，实现民办民管民受益。同时，要明确合作社破产清算的相关内容，特别是合作社破产清算时国家财政补助资金形成资产的处置办法，消除投资兴建农业基础设施的后顾之忧。
一是建立合作社社务公开机制。理事会应当依法编制年度财务报告、盈余分配方案、亏损处理预案以及后续发展规划，及时予以公开，供查阅。同时合作社的重大支出、投资以及接受国家财政补助和他人捐赠等事项应当按要求进行公开，确保知情权。二是完善合作社组织架构。要指导合作社特别是示范社，充分发挥监事会、（代表）大会的作用，通过协商，反映，为其广泛参与社里管理提供保障，确保话语权。
各地农经部门要结合合作社示范社创建，实施动态监测，明确工作重点，完善措施手段，加大对合作社审计监督力度，特别要对财政扶持项目资金进行重点审计，及时将审计结果向本社和相关部门公示，并作为今后合作社能否纳入财政扶持对象的重要指标进行考量。要研究制定违反财经纪律责任追究制度，特别是对私分乱用财政扶助资金、侵占挪用合作社资产等行为予以严肃查处。
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